Los efectos secundarios más frecuentes observados con el Orlistat son los gastrointestinales. Entre ellos se incluyen flatulencia, urgencia fecal, incontinencia fecal, esteatorrea (deposiciones grasosas, flotantes), manchas aceitosas y aumento de las defecaciones. Siempre es recomendado no automedicarse y consultar a su médico tratante antes de iniciar cualquier tipo de tratamiento para que se le puedan dar las recomendaciones adecuadas, los posibles efectos adversos y la dieta que debe acompañar al medicamento. Además se deben realizar controles frecuentes para establecer la efectividad del tratamiento y evitar los efectos adversos.