Puedes modificar la manera que la estas tomando, es decir, como los efectos adversos mas frecuentes de la doxiciclina son los gastrointestinales (nauseas, vomitos, dolor abdominal, diarrea entre otros,) puedes tomar el medicamento con abundante agua y preferiblemente no hacerlo en horas de la noche para así poder evitar esos efectos no deseados.
Si con esto no es posible contrarrestar los efectos, debes acudir nuevamente a tu médico tratante para indicar otro tratamiento.
Espero haber podido ayudarte. Si tienes alguna otra pregunta no dudes en hacerla.