La detección del virus de papiloma humano en el hombre, en ausencia de cambios externos como verrugas, se realiza por un método denominado penescopia, que es el equivalente a la colposcopia, pero realizado en el surco por debajo de la cabeza del pene.
Otro método de detección incluiría la evaluación molecular del ADN del virus en el tejido a evaluar o secreciones peneanas.