La evidencia actual se encuentra limitada en cuanto al manejo de la cistitis intersticial y la respuesta en cuanto a calidad de vida, sin embargo usualmente existe una respuesta alta al tratamiento adecuado, que se recomienda que sea multimodal (distintos ejes) e incluya manejo de las coomorbilidades emocionales asociadas.
El manejo médico puede ser efectivo, el uso de toxina botulínica ha mostrado mejoría de la calidad de vida al igual que la neuromodulación.