Cuando existen bacterias en la riñones, se denomina pielonefritis y es una infección grave que debe tratarse en hospital. Los medicamentos ideales son los antibióticos pero intravenosos si la infección esta a nivel renal.
Por el contrario si la infección urinaria esta localizada en la vejiga, ( infección urinaria baja) no es un cuadro tan grave y debe ser tratado con antibióticos orales, sin embargo para ambos tipos de infecciones es necesario realizar previamente análisis de orina para determinar el tipo de germen y de esta forma dar antibióticos indicados.