Las contradicciones respecto a este tipo de medicina radican en que los pocos estudios que son llevados a cabo con los extractos de origen natural son difíciles de transportar a la población general. Por ejemplo: Un médico realiza un estudio en el que dice que cierto medicamento natural ha funcionado para cierta enfermedad, pero este hallazgo ha sido solo en el grupo de estudio no para todo el mundo, por lo que dificulta enormemente su comercialización, así como la demostración de su efectividad, riesgos y posibles efectos adversos.
Mientras que en el otro extremo se encuentra la medicina alopática (convencional) que cuenta con amplia experiencia en la investigación y ha permitido los diferentes avances en cuestiones de tamizaje, diagnóstico y tratamiento de las diferentes enfermedades.
Lastimosamente existen también personas que se dedican a engañar y a colocar en riesgo la salud de las personas (Por ej: Médicos falsos), por lo que es necesaria una actitud crítica frente a este tipo de ciencia para no caer en conductas que puedan poner en riesgo la salud y la vida.