Esto puede ser debido a que durante la noche existe aumento en la producción de sustancias como el ácido estomacal (ácido clorhídrico) o sulfhídrico las cuales al entrar en contacto con la mucosa oral y las papilas gustativas puede generar sensación de acidez.
Te recomiendo que asistas a una cita médica para poder valorar la existencia de enfermedad por reflujo gastroesofágico que pueda explicar los síntomas que presentas así como otros posibles hallazgos para de esta manera solicitar los exámenes pertinentes y definir una estrategia de tratamiento que se ajuste a tus necesidades.