Es improbable que lo que presente sea una alergia al semen y más por vía oral, si fuera una alergia al semen desarrollada por esta vía usted no podría respirar, su vía área se cerraría casi que por completo y debería ir a urgencias, de manera que NO, no considero que sea esa la causa.
Ahora en cuanto a las lesiones, su médico debe determinar la causa, y determinar la necesidad de una biopsia que clarifique esto; si estas fueron vistas en una fibroscopia su médico pudo decidir esto, considerar que no eran lesiones malignas, o decidir realizar un control posterior y de acuerdo a esto determinar la conducta. Le recomiendo dialogar al respecto con su médico y mantener la calma.
Para futuras ocasiones, le recomiendo realizar sexo oral con preservativo, hay unos especiales para esto; también es bueno que dialogue con su pareja sobre si tiene riesgo de enfermedades de transmisión sexual y realizar las pruebas que correspondan.