La candidiasis intestinal es muy inusual y suele presentarse en pacientes con problemas en el sistema de defensa del cuerpo humano. El tratamiento de esta y otras candidasis sistémicas (es decir diseminadas en el cuerpo) consiste en dar medicamentos antifúngicos (anti-hongos) por vía oral, que siempre deben estar recetados por el médico tratante.