Lo que usted describe puede ser explicado por varias situaciones. Una posibilidad es que sufra enfermedad por reflujo gastroesofágico, en la cual el contenido del estómago se regresa a la boca, ello suele ser peor en las noches al acostarse y podría explicar las características de la saliva al amanecer. Otra posibilidad es que presente una gingivitis o proceso inflamatorio en las encías, lo que genera sangrado que se acumula en las noches, cambiando el color de la saliva.
Para definir la causa de sus síntomas es necesario valorarlo directamente, examinarlo y entrevistarlo, por lo que le recomiendo consultar a su médico si persiste.