Sí afecta, los dos días que no tomaste la píldora no te encontrabas protegida, aunque el riesgo de embarazo en esos dos días es muy bajo. Ahora bien, te recomiendo que durante esta primera semana de uso de la píldora, uses un método de respaldo (condón o abstinencia).
Recuerda que el éxito de este método está en su uso correcto y que el preservativo es el único que previene las enfermedades de transmisión sexual.