Las precauciones de la cisaprida vienen dadas sobretodo en prematuros, en quienes puede causar alteraciones eléctricas a nivel cardíaco, de resto a sido usada de manera muy seguro en pacientes de todas las edades. Ella carece de efectos andi-dopaminérgicos por lo tanto, produce menos efectos extrapiramidales que otros fármacos similares como la metoclopramida.
Se recomienda seguir las indicaciones del médico al pie de la letra con las dosis exactas para evitar así cualquier efecto no deseado.