Si tienes dolor en abdomen superior, se acompaña de nauseas y cambio en la evacuacion pueden ser varias opciones diagnósticas.
En primer lugar podria tratarse de una gastroenteritis viral y no tanto por el tratamiento del h.pilory. debes tomar sales de rehidratacion oral si cursas con diarrea, toma de buscapina para aliviar el dolor y tener una dieta baja en grasas, dulces, condimentos, salsas, lacteos, en cuestion de 3 a 4 dias desapareceran los sintomas.
Otra opcion es que puedas estar cursando con un problema en la vesicula biliar como inflamacion de esta lo que se conoce como colecistitis y tambien cursa con los sintomas que nos comentas. Debes asisitit a tu medico si se prolonga por mas días el dolor para realizacion de ecografia abdominal y Descartar o confirmar una posible inflamacion de la vesicula.
Tambien podria ser por tu tratamiento contra el h.pilory que es con antibióticos que puede causar cambios en la deposición ,pero rara vez causa el dolor.