La diarrea usualmente corresponde a una manifestación de alteraciones a nivel intestinal por aumento del tránsito de estos (pasan más rápido los alimentos digeridos) o aumento en la secreción. Puede ocurrir por alteraciones del intestino delgado o grueso. Las afecciones exclusivamente estomacales no suelen relacionarse con diarrea, a pesar de poder manifestarla de forma secundaria a otros eventos; por ejemplo: el sangrado gastrointestinal puede ser de origen estomacal, pero por efecto de la sangre en el intestino puede ocurrir diarrea.