Existen diversas condiciones médicas en las que se puede indicar una colonoscopia, la decisión de realizar el examen siempre se hará basado en la historia clínica y lo que se encuentre en el examen físico del paciente. Las condiciones más frecuentes en las que se puede indicar son las siguientes: Episodios de sangrado por el recto (rectorragia) o tras la aparición de sangre en las heces, diarrea crónica, personas con antecedente de familiares con cancer de colon, pérdida de peso inexplicable con síntomas que puedan sugerir un cáncer de colon, en el estudio de pacientes con enfermedad de Chron o colitis ulcerosa, para realizar tamizaje del cáncer de colon, estudio de dolor crónico abdominal, entre otras.