Sí, el riesgo de embarazo existe y este se da durante los 3 meses que no te la pusiste, por lo que si durante ese tiempo tuviste relaciones sexuales sin usar otro método existe el riesgo de embarazo.
Ahora bien, siempre que se va a iniciar por primera vez o a retomar un método cuando se ha dejado de usarlo, es importante asegurarse de que no se está en embarazo, la forma más sencilla de asegurarse es revisando si tuviste tus periodos de manera normal durante ese tiempo, si es así sería poco probable un embarazo.
Ahora que retomas la inyección, esta no es abortiva y es efectiva desde el primer día si la inicias durante los primeros 5 días de tu periodo, si la iniciaste en otra fecha debes usar un método de respaldo como el preservativo o no tener relaciones durante una semana, ya luego el efecto de la inyección estará presente.
Recuerda que los anticonceptivos hormonales no previenen las enfermedades de transmisión sexual, por lo que te recomiendo usar siempre preservativo; igualmente te recomiendo leer el prospecto de la inyección para que sepas más sobre su funcionamiento.