En general no hay ningún inconveniente en que lo hagas por la boca o por la nariz. Sin embargo, es ideal que todo el proceso de respiración se haga por la nariz dado que cuenta con una anatomía y estructura especializada para los procesos de refrigeración y filtración del aire para que menos partículas nocivas lleguen a ellos y el aire esté a temperatura ideal para evitar la irritación de la vía aérea.
En ocasiones tenemos esa pregunta cuando hacemos ejercicio y queremos evitar que nos de lo que popularmente conocemos como "vaso". En el caso del ejercicio lo ideal es inhalar por la nariz y botar el aire por la boca de forma controlada, pero en general el proceso se debe hacer por la nariz por los motivos que te expliqué previamente.