La esofagitis es generalmente causada por enfermedad de reflujo gastroesofagico. El contenido gástrico es mucho más ácido que el qué pasa por el esófago, por eso en casos en los que ese contenido se devuelve al esófago lo irrita/quema causando una inflamación del mismo (esofagitis) que puede generar úlceras o cambios en el tejido del esófago que predispongan al cancer de esófago (Barret) o directamente producir el cancer.
Por lo general es un proceso crónico ya que lo que desencadena el reflujo suelen ser causales anatómicas (problemas estructurales que predisponen o facilitan el paso del contenido gástrico al esófago), es por esto que se debe realizar un tratamiento que disminuya la acidez del contenido gástrico para evitar que se lesione más el esófago ya que una vez ocurren cambios en el tejido estos permanecen de por vida y sin estadios precancerosos.