Todos los medicamentos al ser sustancias químicas provocan efectos adversos, el secnidazol en particular puede tener los siguientes Falta de apetito, dolor abdominal, diarrea, inflamación en la boca o lengua y sabor metálico en la boca, dolor de cabeza, entumecimiento en las extremidades, falta de coordinación, mareos, náuseas, vómito, erupciones cutáneas (urticaria) en general todo es reversible al terminar el tratamiento.