Son dos procedimientos diferentes. En uno se mira la estructura del tejido viendo las características del mismo en muchos casos se puede hacer un diagnóstico de certeza, en algunos no es posible y en otras ocasiones puede suceder que el tejido examinado precisamente no contaba con hallazgos sugestivos de la enfermedad cuando en verdad si la hay (falso negativo).
La citometria de flujo detecta componentes específicos en las células o sobre ellas por lo cual si hay posibilidad que los hallazgos de la misma sean sugestivos de linfoma pero que el tejido no concuerde como menciona en su pregunta.
Dependiendo del diagnóstico que se considera para tener un diagnóstico definitivo se deben repetir ambas pruebas, una sola, o de por sí una de ellas ser suficientes para confirmar o descartar. Si puede suceder que la biopsia sea negativa y la citometria de positiva (depende del linfoma sospechado y del tejido evaluado y la forma en la que se tomó la biopsia).