Ambos síndromes tienen diferentes criterios clínicos que hacen el diagnóstico.
El síndrome de Asperger es un tipo de autismo, que caracteriza por la dificultad para la interacción social, las obsesiones, los patrones del habla extraños, pocas expresiones faciales y otras peculiaridades. Con frecuencia, los niños que padecen el síndrome de Asperger tienen dificultad para comprender el lenguaje corporal de otras personas. Pueden desempeñarse normalmente en la vida diaria, pero tienen una tendencia a la inmadurez social, se relacionan mejor con los adultos que con sus pares y tal vez los demás los consideren raros o excéntricos. También pueden tener retrasos en la motricidad, torpeza, intereses limitados y preocupaciones peculiares. Los adultos con síndrome de Asperger tienen dificultad para demostrar empatía hacia los demás y continúan teniendo dificultades en las interacciones sociales.
Mientras que la fobia social es un miedo fuerte a ser juzgado por otros y a sentir vergüenza. Este miedo puede ser tan fuerte que hace difícil ir al trabajo o a la escuela, o llevar acabo las actividades de cada día.