El dolor en las rodillas puede que no precisamente se deba a tu anticoagulación sino mas bien a otros procesos de tu cuerpo que puedan estar generando artritis u osteoartrosis por desgaste de las articulaciones. Te recomendaría que pidas una cita médica para evaluar la condición de las mismas u enfocar tu dolor. Puedes intentar en este momento con antiinflamatorios para controlar el dolor aunque no es muy recomendable que te automediqes ya que podrían haber interacciones medicamentosas con la warfarina.