Si, la fluvoxamina interactúa con los componentes de los anticonceptivos orales, lo que hace es aumentar sus niveles en sangre y con esto pueden aumentar los efectos secundarios, que en tu caso corresponde a las alteraciones que estás teniendo del ciclo menstrual. No hay datos que indiquen que disminuyan la efectividad de los anticonceptivos orales, sino solamente que aumentan su concentración en sangre.
Si los efectos están siendo muy molestos te recomiendo dialogar con tu pisquiatra al respecto.