Las enfermedades gonorrea y clamidia no son causadas por agentes virales sino bacterianos denominados Neisseria gonorrhoeae y Chlamydia trachomatis respectivamente. El diagnóstico de estas patologías suele ser meramente clínico con confirmación a través de estudios de la secreción uretral, en el caso de la gonorrea por observación directa, cultivo de secreción y por presencia de esterasas leucocitarios; por otra parte, para clamidia se suele hacer tinción GRAM de la secreción o cultivos. Estudios adicionales son poco útiles a nivel clínico, para gonorrea la serología es poco sensible a excepción de casos muy avanzados y en clamidia estudios avanzados como PCR o detección de antígenos tienen alta sensibilidad y especificidad.