La situación que usted relata, puede corresponder a varias situaciones. La depo provera, es un anticonceptivo hormonal inyectable trimestral, que dentro de sus reacciones adversas frecuentes genera alteraciones en los ciclos menstruales o incluso puede inhibir la menstruación por 3 meses seguidos, por lo que una posibilidad en su caso, es que se hayan alterado los ciclos. Otra posibilidad, como usted lo menciona, es que por la mala técnica de aplicación, no se consiguiera una efectividad plena (98-99) y haya quedado en embarazo y esté abortando en éste momento.
Para poder determinar la causa de su sangrado, es necesario poderla valorar presencialmente y realizar exámenes como una especuloscopia y ecografía. Por lo que le recomiendo que ante la persistencia, asista a su médico.