Es difícil orientarle sin ver las lesiones; no obstante, aunque el aciclovir no haya funcionado eso no necesariamente indica que no sea herpes, más cuando hay un examen de anticuerpos positivo. En cuanto a lesiones por VPH, estas lesiones son muy características, se asemejan a un coliflor y por lo general no arden, a diferencia de las del herpes, por lo que en el escenario que nos cuentas, esta opción es poco probable.
Ahora bien, realizarse la circunsición, si en definitiva lo que tienes es herpes no curará la infección, debes saber que el herpes no se cura y lo que se hace es aliviar los síntomas con medicamentos como el aciclovir y que las lesiones pueden re-aparecer durante el trascurso de la vida.
Mi recomendación es que dialogues con tu médico tratante, si definitivamente no quedas tranquilo siempre puedes pedir una segunda opinión; si tienes la opción puedes consultar con un dermatólogo que podría despejarte las dudas frente a otro tipo de enfermedades de la piel, diferentes a las ETS.
Espero haberte ayudado.