La toma de una pastilla anticonceptiva así sea mensual como el Nogest® fuera de los primeros 2-5 días posteriores a la menstruación no ejerce el efecto anovulatorio deseado por lo que su efectividad luego de este periodo es baja como en tu caso, la presencia de menstruación sin embargo podría descartar el embarazo pero esta debe diferenciarse de un sangrado por implantación. Lo más indicado podría ser considerar la realización de una prueba de detección de hCG para embarazo.