El sabor amargo en la saliva puede tener varias razones, Las más frecuentes suelen ser un pobre hábito de aseo bucal, si ésto se descartar se podrían considerar infecciones como faringitis o sinusitis, igualmente el reflujo gastroesofágico puede manifestarse de esa forma.
Para determinar cual es su caso, es necesario que la valore un médico de forma presencial, por lo que le recomiendo consultar.