Entiendo tu preocupación. Existen diferentes estudios contradictorios sobre si estos antibióticos betalactámicos como la amoxicilina debido a su absorción en el colón pueden interactuar o no con los anticonceptivos orales. Debido a que este debate aun esta en boga mi recomendación en estos casos es:
-Continuar tratamiento con ambos medicamentos.
-Complementar protección con método de barrera como condón.
-Prolongar uso de método de barrera 7 días luego de culminar tratamiento antibiótico.
En tu caso que ya mantuviste relaciones sería bueno esperar un par de días para iniciar el tratamiento. Mientras no existan estudios conclusivos sobre este tema sera bueno mantener estas recomendaciones. Espero haber sido de ayuda.