Si hay presencia del flujo menstrual es muy difícil que estés en embarazo, claro este no se puede descartar que exista mientras las relaciones sexuales fueron sin protección.
En tu caso puede pasar dos cosas una que el periodo se haya adelantado o dos que estés en embarazo y estés manchando; espera que pasen los días si no te baja más flujo menstrual realiza prueba de embarazo.