En la gran mayoría de los exámenes de materia fecal se puede encontrar el hallazgo de flora bacteriana aumentada se tenga o no diarrea, por lo que no constituye una herramienta de diagnóstico de diarrea por bacterias. En este caso habría que mirar si hay sangre presente o, por ejemplo, parásitos. La interpretación debe hacerse con el médico tratante para correlación de los hallazgos con el examen físico.