Si ya existe secreción uretral ya es posible aislar el germen, no obstante las bacterias del género Chlamydia no se aislan en los cultivos habituales como los realizados para orina. Se requieren cultivos celulares no realizados de rutina en la práctica clínica para su detección. Es probable que el resultado de los cultivos que indica sea negativo, no descartando una infección por Chlamydia.