La vacuna contra el VPH previene un gran número de casos de cáncer de cuello uterino, pero no todos. La vacunación se recomienda también con el fin de evitar que lesiones de bajo grado progresen hacia un carcinoma invasivo, en un tiempo de 10 a 20 años. Adicionalmente, la vacuna protege contra algunos tipos de VPH que generan cáncer de cuello uterino, pero no contra todos. De ahí la importancia de realizar citologías periódicamente.
Hay otros factores que pueden predisponer a aparición de cáncer a pesar de la vacunación como: predisposición genética, coinfección con otras enfermedades de transmisión sexual, edad temprana del primer embarazo y tabaquismo.