El hecho que haya tenido presencia de menstruación no quiere decir que no esté embarazada debido a que puede ser una amenaza de aborto (en caso de que esté embarazada). Claro que este sangrado sería mancha, puede durar pocos días... es diferente al período de todo los meses.
Lo ideal es que si la relación fue en días fértiles se realice una prueba de embarazo. Si es negativa, debe iniciar un método de anticoncepción.