La aplicación de la Messigyna se recomienda sea a nivel intramuscular profunda, preferentemente intraglútea y como alternativa puede ser en el brazo. Por lo cual se puede aplicar en el brazo. Los principales efectos secundarios: náuseas, dolor abdominal, vómito, diarrea, aumento de peso. Raro: disminución de peso, retención de líquidos, dolor de cabeza, migraña, estado de ánimo depresivo, cambios del estado de ánimo, disminución y aumento de la libido, dolor en las mamas, secreción por las mamas, entre otros.