Me apliqué la inyección pero me pareció que quedó medicamento en la ampolla, ¿esto puede afectar su eficacia?

Si quedó una cantidad considerable dentro de la jeringa, sí puede afectar la eficacia pero puede que incluso en ese volumen no haya estado el medicamento concentrado, así que es posible que no afecte para nada.
Por precaución la próxima vez que se aplique el medicamento hay que asegurarse de que todo el contenido sea administrado.