Se ha observado una mínima incidencia de efectos secundarios con el uso de Cyclofem, pero los comunicados más frecuentemente en los ciclos iniciales de la terapia son tales como: sangrado o goteo intermenstrual, alteración del patrón de sangrado normal y rara vez se llega a presentar amenorrea (ausencia de sangrado). También se generan náuseas, vómito y cefalea, aumento de peso, hipertensión arterial, tromboembolismo.
Si es la primera inyección que usa y tuvo una relación sexual de riesgo y no estaba segura de si ya tenía protección adecuada y además usó la pastilla de emergencia el riesgo de embarazo se puede considerar más bien bajo, casi nulo ya que la pastilla de emergencia supliría el bajo efecto protector de la inyección para ese mes.