La diarrea que está presentando puede ser efecto secundario del medicamento ya que si se usan dosis altas (más de 1 gr al día) se puede producir ese efecto. Otra posibilidad es que sea producto de la enfermedad, ya que la enfermedad de Crohn por ser inflamatoria intestinal se irrita la mucosa del colon y produce diarrea algunas veces con sangre. La otra posibilidad es que sean nuevamente parásitos (amebas u otros) lo cual es lo más improbable ya que acabó de recibir tratamiento antiparasitario.
Lo ideal sería hacer una valoración y un examen de materia fecal (coproscópico) ya que ahí se determinaría si tiene o no microorganismos en la materia fecal. Recuerde seguir consumiendo la dieta recomendada.