Tengo 16 años y tengo el pene totalmente cubierto por la piel y no se ve la cabeza, cuando intento bajar la piel me duele.

Usted presenta una condición médica denominada fimosis, en la cual la piel del pene (prepucio) no se desprendió de la cabeza del pene (glande) por lo cual no desciende y puede generar erecciones dolorosas y dificultad en las relaciones sexuales.
Esto es algo con lo cual nacen la mayoría de los niños, pero con el tiempo cede y la piel desciende sola. Pero a su edad ya no es posible esperar más y lo indicado es una circuncisión, la cual es una cirugía para separar esa piel redundante y solucionar el problema.
Le recomiendo que consulte al médico para que lo valore y decida remitirlo al urólogo.