En Colombia para que la EPS cubra la licencia de maternidad debes estar cotizando desde el inicio del embarazo. Si no has estado cotizando desde el inicio del embarazo, el reconocimiento del pago de la licencia se hace de manera proporcional al periodo cotizado en relación con el período de gestación. (información actualizada a septiembre de 2017)
Si tienes más dudas al respecto te recomiendo consultar con un abogado o con un consultorio jurídico.