Dado que para realizar una colonoscopia se realiza una preparación con una sustancia especial que genera diarrea, es posible que luego de realizada, aún queden restos de esa sustancia y se produzca diarrea. Además, quedar un poco de inflamación en el colon que genere una diarrea reactiva. Mientras la diarrea no sea abundante y no se tenga sangre, se puede esperar a que ésta ceda con el tiempo.