Las contraindicaciones del Omeprazol son las siguientes: Cuando haya sospecha de Úlcera Gástrica, se debe descartar un proceso maligno pues el uso puede aliviar los síntomas y retrasar el diagnóstico. Se debe utilizar con precaución en pacientes con insuficiencia hepática ya que puede prolongarse el aclaramiento del fármaco. Se ha asociado el Omeprazol a Hepatitis y en raras ocasiones, a insuficiencia hepática. La respuesta sintomática al Omeprazol no excluye la presencia de Cáncer gástrico. Además, al reducir la acidez aumenta el número de bacterias en los jugos gástricos y por lo tanto la cantidad de productos carcinogénicos producidos por dichas bacterias. Los estudios a largo plazo realizados en pacientes con síndrome de Zollinger-Ellison ha puesto de manifiesto que puede aumentar el riesgo de Cáncer de estómago. Recientemente se ha demostrado que el Omeprazol puede reducir la absorción de la vitamina B12, produciendo un déficit de esta vitamina. El Omeprazol, al igual que los antimicrobianos y los preparados de bismuto son bactericidas para la Helicobacter pylori, de modo que el test de la ureasa para la detección de este microorganismo puede resultar negativo si el paciente se encuentra bajo tratamiento con alguno de estos fármacos.