¿Es normal que después de que me operaran de un quiste en el epidídimo, todavía me duela la herida si ya pasaron 3 años? 

El dolor crónico es una complicación de las intervenciones quirúrgicas, cualquiera que sea. Sin embargo, sería prudente consultar con el médico que lo diagnosticó en ese momento para evaluar la presencia de nuevos quistes u otra patología, por ejemplo infecciosa.